San Giovanni in Marignano è situata sul terrazzo alluvionale del fiume Conca, a brevissima distanza dal mare (tre chilometri). L'area circostante l'abitato è caratterizzata da rilievi collinari, alcuni dei quali furono prescelti come insediamento nelle epoche più remote. L'aspetto ambientale di questa zona della bassa Valle del Conca si presentava anticamente molto dissimile da quello attuale.

La particolare conformazione geomorfologica del territorio non sempre consentiva un deflusso naturale delle acque dei fiumi che lo attraversavano (Conca, Ventena, Vivare, Tavollo), determinando zone particolarmente soggette ad impaludamento: di qui la restrizione delle aree favorevoli all'insediamento dell'uomo.

Dalla fine del Duecento, alcuni monasteri ravennati, avevano promosso ed attuato un imponente piano di dissodamento e di bonifica delle terre comprese fra i fiumi Ventena, Conca e Tavollo, favorendo lo spostamento delle antiche sedi umani. Questi monasteri incitavano al lavoro, diventando ben presto centri non solo di dissodamento e di rinnovamento agricolo, ma anche di movimenti commerciali. Lo spostamento più grande ed importante avvenne ad opera del Monastero di San Vitale di Ravenna, con l'insediamento di San Giovanni in Marignano dal colle di Castelvecchio al piano e la fondazione, nelle vicinanze del torrente Ventena, di un nuovo castello (Castelnuovo). Questo insediamento e quello di Cattolica, di costruzione pressoché contemporanea, rappresenteranno i poli della concentrazione demografica nel corso del Trecento, ma sarà soprattutto San Giovanni in Marignano il centro della riorganizzazione del territorio circostante, in gran parte costituito da terre non dissodate e da boschi.

San Giovanni in Marignano rientrò fin dal Medioevo nel territorio riminese e, salvo brevi periodi, fu sempre soggetta politicamente alla città di Rimini. Il nuovo castello costituì: sede di parte della borghesia cittadina, delle autorità politico-amministrative, di più centri religiosi, e quindi di servizi di livello superiore, fu un importante perno, sulla scala gerarchica, per i vari centri minori, disseminati nella campagna, da San Giovanni in Marignano. Giuridicamente fece sempre parte del contado riminese, assieme agli altri castelli di Saludecio, San Clemente, San Mauro, Santarcangelo, Montefiore e Mondaino. La comunità marignanese godeva di una certa autonomia amministrativa ed estendeva la sua giurisdizione, specialmente sul piano economico, anche al vicino borgo di Cattolica. Il castello era retto da un capitano, eletto dal consiglio signorile di Rimini e da un organo locale formato da 4 priori e da 24 consiglieri che si impegnavano alla stretta osservanza degli statuti municipali. Questi, redatti fra il 1482 ed il 1492, durante la signoria di Pandolfo IV Malatesta, evidenziano chiaramente la struttura di una terra ben organizzata fin dal Quattrocento. La presenza poi di un nutrito collegio notarile testimonia l'intenso movimento commerciale che interessò queste zone.

Il nuovo castello di San Giovanni in Marignano, sorto presumibilmente nella seconda metà del Duecento (la più antica citazione è del 1303), si affermò dunque quale polo della riorganizzazione del territorio, assorbendo la popolazione sparsa delle campagne, richiamata principalmente dalll’intenso movimento di produttività e di difesa militare. L'insediamento fortificato di Castelnuovo è ancor oggi parzialmente leggibile: s’individualizza l’impianto urbanistico medievale.: La strada principale, costituisce, all'interno dell'abitato, il proseguimento della via di comunicazione sulla quale si impiantò il nuovo insediamento, rappresenta anche l'asse longitudinale del centro, delimitato alle estremità da due possenti porte-torri, unici accessi al castello dall'esterno. Lungo l'impianto viario principale sorgono nel Trecento La chiesa di S.Pietro, la sede delle magistrature locali (Domus communis) e la residenza di Malatesta Malatesta, signore di Pesaro, di cui si ha documentazione già nel 1389. La cosiddetta 'via di mezzo' (via XX Settembre), su cui si affacciano edifici pubblici, abitazioni, palazzi, botteghe, è anche asse di simmetria per le strade secondarie, che si svolgono parallelamente ad essa. Nella documentazione notarile del '400-'500 esse vengono menzionate come 'contrada di sotto' (lato mare) e 'contrada di sopra' (lato monte). Vicoli e androni articolano e completano l'assetto urbano, modesto ma vivace, con una fitta trama di percorsi e di collegamenti fra i due assi principali. Un recinto murato, realizzato con cortine di laterizio, dotate di merlature a sporto ed intervallate da alcuni torrioni, definisce e delimita l'impianto urbano. L'impianto di fondazione del Castello Nuovo, quasi sicuramente a pianta regolare, che risale alla fine del Duecento, rimase più tardi inglobato in seguito ad addizioni prodottesi in epoca malatestiana che portarono alla ristrutturazione della fortificazione e al conseguente ampliamento dell'abitato, in sovrapposizione alla maglia regolare originaria (1442 circa)

IL GRANAIO DEI MALATESTA
L'importanza del castello, che già nel XIV secolo era stato fortificato, va ricercata non solo nella sua posizione di confine e di caposaldo riminese, ma anche e soprattutto nella produzione granaria della sua campagna che, per la recente messa a coltura, era riconosciuta fertilissima ed indispensabile all'economia riminese ancora nei secoli XVII e XVIII. Le effettive grandi risorse agricole di queste terre, di cui gli stessi toponimi sembrano confermare la ricchezza, determinarono una vera e propria corsa all'accaparramento dei fondi che nei secoli XV e XVI erano diventati quasi esclusivo monopolio di capitali forestieri, soprattutto urbinati, pesaresi, oltreché riminesi, attirati appunto dalle forti rendite agricole della zona. Ancor oggi, all'interno del castello, sono rintracciabili numerose e capaci fosse ipogee, la cui presenza è documentata fino dal Quattrocento, disseminate lungo le strade principali, al riparo delle mura e predisposte appositamente per la conservazione dei cereali, che attestano il ruolo di imponente ammasso frumentario del castello stesso. Molto probabilmente fu proprio questa caratteristica a suggerire l'appellativo di 'granaio dei Malatesta' riferito a San Giovanni in Marignano. Del resto, anche tutte le descrizioni dei letterati e dei viaggiatori sono concordi nel riconoscere a San Giovanni in Marignano il primato nella produzione granaria del contado riminese. 'Lontano dal mare due miglia all'incirca', scrive Raffaele Adimari nel 1616, 'vi è il nobil e forte castello di San Giovanni in Marignano, circondato dall'acque del fiume Ventena, il qual è abbondantissimo di grani, biade e vini, per il buon territorio che ha intorno'. Un secolo più tardi Giovanni Antonio Battarra porrà in evidenza le stesse caratteristiche soffermandosi a ricordare i mercati: 'San Giovanni in Marignano [è] terra ben fabbricata e ricca, situata in pianura […]. E' molto fertile il suo territorio di grano, biade e ortaglia. Qui, nelle domeniche di ottobre, si fanno grossi mercati di bestiame'.

Le fiere, in effetti, furono moltissime fino agli inizi di questo secolo: se ne contavano, durante il corso dell'anno, una quindicina, di cui le più importanti erano quelle di S.Mauro (19 gennaio) e di S.Lucia (13 dicembre). Quella di S.Lucia, l'unica sopravvissuta (anche se oggi si presenta più come festa di paese che come importante momento di mercato e di scambi), costituiva il più significativo avvenimento dell'anno agricolo e, sebbene fosse prettamente una fiera bovina e suina, accoglieva anche scambi di vari generi e principalmente di pollame, uova, lana e cerali. Fino al 1805 si svolse in aperta campagna, nei pressi della Chiesina di S.Lucia al Moscolo, un antico edificio religioso ricordato già nel 1333, oggi privatizzato, e solo in seguito ad un decreto napoleonico la si trasferì dentro o in prossimità delle mura castellane.

Nella fitta rete di insediamenti umani, tramandati dalle fonti documentarie nell'ambito dell'attuale territorio del Comune di San Giovanni in Marignano e testimoniati dalle interessanti scoperte archeologiche effettuate, le funzioni accentratrici dei poteri giuridici, amministrativi ed economici vennero svolte, almeno per tutto l'alto Medioevo, dal Castello di Conca e dalla pieve omonima dedicata a S.Giorgio. All'interno della circoscrizione ecclesiastica facente capo alla Pieve di Conca, sorsero altri importanti insediamenti: castelli, chiese, abbazie. Tra questi, nell'XI e nel XII secolo, la Chiesa di S.Maria in Marignano (1062), l'Abbazia di S.Gregorio in Conca (1070), fondata da S.Pier Damiani nelle immediate vicinanze di Morciano, ed il Castello di Marignano con la Chiesa di S.Giovanni Battista (1157). Quest'ultimo insediamento, ubicato sopra un antico fundus Mariniani, di probabile derivazione tardo-romana, oggi scomparso, ma identificabile con la località di Castelvecchio, costituisce l'origine del centro che in seguito sarà chiamato San Giovanni in Marignano. Del resto, strutture murarie, vani di antiche case e pavimenti musivi, riportati alla luce nelle immediate vicinanze di Castelvecchio e collocabili cronologicamente fra il III secolo a.C. ed il V secolo d.C., confermano l'idoneità all'insediamento di queste aree collinari fin dall'antichità. La presenza di suppellettili di vario genere e la tipologia dell'abbondante materiale fittile, prodotto molto probabilmente in loco, data l'accertata presenza di fornaci, fanno pensare ad una 'villa' romana produttiva e autosufficiente, gravitante culturalmente più verso l'area picena che non verso la vicina colonia di Ariminum.